La idea de tener una Unidad de Investigación en el Instituto empezó a tomar forma a principios de los años 90. En 1992 el Consejo Nacional para la Ciencia y Tecnología (CONACYT), otorgó, a solicitud de un proyecto para el fortalecimiento de la estructura científica, la cantidad de 350 000 dólares, que fueron invertidos en instalaciones destinadas a este giro dentro del hospital. Desde entonces se han establecido convenios con la Coordinación de la Investigación Científica de la UNAM y con el Centro de Investigación en Ciencia Aplicada y Tecnología Avanzada del Instituto Politécnico Nacional (CICATA-IPN), para la colaboración en investigación clínico-básica en el área de Oftalmología. Entre estas colaboraciones destaca que en julio de 1999, se formalizó con CICATA, la creación y equipamiento de un centro de investigación en enfermedades genéticas oculares que afectan a la población mexicana. La inversión que esto representó fue mayor a los 600 000 dólares, de los cuales la Fundación participó con un 50 por ciento en equipo, remodelación y adecuación de las instalaciones, y el otro 50 por ciento fue una inversión directa del Instituto Politécnico Nacional. Este centro inició operaciones a principios de 2001, como un área enfocada al estudio genético, finalizando el convenio con esa institucion a principios del 2004.
Por esas fechas y a solicitud del Dr. Enrique Graue Wiechers, presidente patrono de la Fundación de Asistencia Privada Conde de Valenciana, la Dra. Ana María López Colomé, tuvo la labor de elegir a jóvenes recién doctorados para conformar una Unidad de Investigación enfocada en investigación básica, sin duda el trabajo fue arduo ya que se buscaba un perfil ad hoc con las necesidades del hospital.
La selección que realizó la Dra. López-Colomé permitió integrar una unidad de investigación única en su tipo, en donde se realizara trabajo de investigación en oftalmología, pero a su vez se diera algún tipo de servicio clínico.
De tal manera que el 1 de septiembre de 2004 se creó formalmente la Unidad de Investigación del Instituto.
A partir de su creación, la Unidad de Investigación ha tenido una intensa participación en medios científicos nacionales e internacionales, a través de la publicación en revistas arbitradas e indexadas, participación en foros y congresos, coordinación de cursos, docencia en pregrado y posgrado y formación de recursos humanos especializados en el área de las ciencias de la visión.
La investigación desarrollada en esta Unidad incluye a materias tan diversas como genética, inmunología, microbiología y proteómica, biología celular y tisular.
Además del impacto científico, la Unidad de Investigación tiene ya un impacto social con la implementación y uso de técnicas en biología molecular, inmunología y genética, que facilitan eldiagnóstico clínico; así como el desarrollo de servicios de apoyo clínicos (genética e inmunología) que se han sumado a los diferentes servicios de apoyo con los que ya contaba la institución, y que han permitido un mayor beneficio a los pacientes atendidos por la fundación.
Además, los proyectos de investigación elaborados en la Unidad de Investigación del Instituto han recibido apoyos económicos delInstituto Nacional de Ciencia y Tecnología, a través de los Fondos Sectoriales SSA/CONACYT y del Instituto de Ciencia y Tecnología del Distrito Federal (ICyTDF). Mismos que han permitido la adquisición de equipos altamente especializados, que ahora se encuentran al servicio de los pacientes.
En conjunto, la atención de más de 200,000 pacientes de escasos recursos al año, de 10,000 cirugías oftalmológicas anuales; la educación médica en los niveles de licenciatura y posgrado; el papel social de la Fundación en la gestación del Banco de Ojos de la Cruz Roja Mexicana-Instituto de Oftalmología; la Clínica de Ometepec, que atiende a una población marginada en el sur del país y la Unidad de Investigación que colabora con la resolución de problemas oculares que afectan a la población además de aportar conocimiento fresco en las Ciencias de la Visión, hacen que esta Institución sea una parte esencial de la historia de la oftalmología mexicana a principios del siglo XXI.